棕榈酰化研究思路
ZDHHC11-mediated palmitoylation alleviates chondrocyte senescence and serves as a therapeutic target for osteoarthritis NATURE AGEING 2025
材料：过表达细胞
处理方法：加药
- 通过IP-MS 拉取处理后的蛋白 同时结合gene CARD对关注到pathway、疾病和修饰进行overlap筛选出潜在蛋白。
- 因为研究的是gene是一个棕榈酰转移酶，所以其中的互作蛋白可能发生了棕榈酰的修饰的改变，使用软件CSS-Palm 4.0进行了预测
- 实验对候选蛋白进行了共表达CO-IP验证了相互作用，并且使用分子对接确定了结构域和关注到分子位点 APO C115具体的位点。
- 验证棕榈酰化是否发生改变。
- 结合单细胞，对分群的细胞进行了衰老的检测，这是关注的生物学问题
- 研究候选蛋白的分子位点 APO C115的保守性，突出 APO C115在棕榈酰中的重要性。
- 研究了APO蛋白的泛素途径
- RNA-SEQ 找出共有的差异gene和pathway
1. 分子对接
2. 单细胞Molecular docking
The molecular docking program HADDOCK (version 2.4), an information-driven flexible docking method for modeling biomolecular complexes, was used in this study68,69. HADDOCK combines a variety of experimental and/or bioinformatics data to drive modeling, allowing for more complex processing of conformational flexibility to focus searches on relevant parts of the interaction space. PyMOL (version 3.0.3) software was used for result analysis and drawing operations.