缘由
- 以自问自答的形式掌握原理。
- 费曼一下，独乐乐不如众乐乐。
- 在理解原理的基础上get可信的结果。
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代谢组学中的差异分析指标有哪些？
RNA-seq中进行差异分析，一般需要FC(Fold Change)和Pvalue进行差异分析，但是在代谢组学中，一般需要FC、Pvalue和VIP（Variable Importance in Projection）共同筛选差异代谢物。一般要求VIP值大于1。
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代谢谢组学中差异分析所需要的VIP值怎么来？
通过PLS-DA（PartialLeast-Squares Discriminant Analysis (PLS-DA)）或者OPLS-DA可以得到。PLS-DA和OPLS-DA属于有监督模型，OPLS-DA综合了PLS-DA和正交信号过滤（技术，能够把与预先设定的和分类无关的信息最大程度从原始矩阵分离，从而将最相关的因素集中到第一个主成份（Predictive component）上，进而寻找该主成分的正交矫正轴方向，从而使得组间样本分离效果更佳，使组内差异弱化，组间差异最大化凸显，且更适用于两组样本间的分离。
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代谢组学差异分析的VIP值代表什么意思呢？
VIP（Variable Importance in Projection）分析是一种常用的统计方法，用于评估代谢物在模型中的贡献度或重要性。VIP值越高，表示该代谢物在区分不同组别或解释实验变量方面的重要性越大。也就是说VIP值高的代谢物可能是在不同组别之间具有显著差异的标志物，它们的变化能够很好地解释或区分这些组别之间的差异。
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如何得到代谢物差异分析所需要的VIP值？
2. R包 ropls
3. 平台metaboanalyst -
关于VIP值需要了解什么？
- VIP值由PLS-DA或OPLS-DA建模得到，有监督模型有一个问题，容易产生过拟合。过拟合会导致 VIP值被高估。对于差异分析的影响，鉴定的差异代谢物可能是实际上并没有差异。
那么如何确定OPLS-DA是否过拟合呢？且听下回。