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缘由

生信之路，道阻且长，记录经验，但渡有缘人。

碎碎念

及时当勉励，岁月不饶人 ——陶渊明

炫图

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代码

1. 数据准备部分

data <- read.delim("~/arrow.txt")

• 功能：读取一个外部文件 arrow.txt，其中包含用于绘制箭头和线段的数据。
• data 数据结构假设：应包含以下列：
  • shape: 决定绘制形状，如箭头（arrow）或线段（line）。
  • regu: 调节方向（如 "up" 表示上调，"down" 表示下调）。
  • x, y, y_end: 确定线段或箭头的起点和终点坐标。

data2 <- data.frame(
    x = rep(1:4),           
    y = rep(paste0("pathway", 1:9), 4),
    pvalue=runif(36, min = 0, max = 1)
)

• 功能：创建模拟数据 data2，用于散点图绘制。
  • x：离散分组变量（1-4）。
  • y：不同 pathway 分组。
  • pvalue：随机生成的 P 值，用于定义散点的颜色和大小。

---

2. 上部箭头和线段绘图（p 图表）

p <- ggplot(data, aes(x=x, y=label)) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "arrow" & regu=="up"), 
        aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
        arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm")),
        color = "red", size = 2
    ) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "arrow" & regu=="down"), 
        aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
        arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm")),
        color = "blue", size = 2
    ) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "line"),
        aes(x=x-0.3, xend = x + 0.3, y=y, yend = y_end),  
        color = "gray70", size = 2
    )

• 功能：绘制线段和箭头，区分形状及方向。
  • 箭头：根据 shape 和 regu 列，绘制红色（上调）和蓝色（下调）箭头。
  • 水平线段：根据 shape=="line" 绘制灰色线段。

p <- p +  scale_y_continuous(breaks =c(1.5, 3.5) , labels = c("protein","mRNA"), position = "right") + 
    labs(x =NULL, y =NULL) + theme_minimal() +
    theme(panel.grid = element_blank(), 
        axis.text.x=element_blank(),text=element_text(size=18)) 

• 功能：优化坐标轴及图表样式。
  • Y轴：
    • 设置断点为 1.5 和 3.5，并分别标记为 "protein" 和 "mRNA"。
    • 坐标轴显示在图表右侧（position = "right"）。
  • 全局样式：
    • 去掉网格线（panel.grid = element_blank()）。
    • 隐藏 X 轴刻度文本（axis.text.x = element_blank()）。

---

3. 下部散点图绘制（p_main 图表）

p_main <- ggplot(data2, aes(x = x, y = y)) +
    geom_point(aes(color = pvalue, size = pvalue)) +
    labs(x = NULL, y = NULL) +
    theme_minimal() +
    scale_color_gradient(low = "#ee0000", high = "#0077d7")

• 功能：绘制散点图。
  • 颜色渐变：基于 pvalue，从红色（#ee0000）到蓝色（#0077d7）。
  • 点大小：根据 pvalue 调整点的大小。

---

p_main <-  p_main + scale_y_discrete(position = "right") +
    scale_x_continuous(position = "top") +
    theme(
        panel.grid = element_blank(),
        panel.border = element_blank(),
        text = element_text(size = 18),
        axis.line.x = element_line(color = "black", size = 0.5, linetype = "solid") ,
        axis.line.y = element_blank(),
        axis.text.x= element_blank()
    ) +  
    guides(
        color = guide_legend("pvalue"), 
        shape = guide_legend("pvalue")
    )

• 功能：调整散点图样式。
  • 坐标轴位置：X 轴移到顶部，Y 轴移到右侧。
  • 图表装饰：去掉边框和网格线，仅保留顶部的 X 轴线。
  • 图例：为 pvalue 添加图例。

---

4. 图表组合

p %>% insert_bottom(p_main, height = 5)

• 功能：使用 aplot 包将 p（箭头和线段图）与 p_main（散点图）组合在一起，将散点图插入到箭头图的底部。
• height = 5：指定底部散点图所占高度。

ALL

 
library(aplot)
 
data <- read.delim("~/arrow.txt")
 
 
set.seed(123)  # 设置随机种子保证结果可复现
data2 <- data.frame(
    x = rep(1:4),            # x 轴值
    y = rep(paste0("pathway", 1:9), 4),
    pvalue=runif(36, min = 0, max = 1)
    
)
 
 
p <-  ggplot(data, aes(x=x, y=label)) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "arrow" & regu=="up"), # 只绘制箭头的数据
        aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
        arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm")), # 添加箭头
        color = "red", size = 2
    ) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "arrow" & regu=="down"), # 只绘制箭头的数据
        aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
        arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm")), # 添加箭头
        color = "blue", size = 2
    ) +
    geom_segment(
        data = subset(data, shape == "line"),
        aes(x=x-0.3, xend = x + 0.3, y=y, yend = y_end),  # 只绘制水平线段的数据
        
        color = "gray70", size = 2
    )
 
p <- p +  scale_y_continuous(breaks =c(1.5, 3.5) , labels = c("protein","mRNA"), position = "right") + 
    labs(x =NULL, y =NULL) + theme_minimal()+
    theme(panel.grid = element_blank(), 
        axis.text.x=element_blank(),text=element_text(size=18)) 
 
 
# 绘制散点图并使用 facet_wrap 分组
p_main <- ggplot(data2, aes(x = x, y = y)) +
    geom_point(aes(color = pvalue, size = pvalue)) +  # 绘制散点图
    labs(x = NULL, y = NULL) +
    theme_minimal() +
    scale_color_gradient(low = "#ee0000", high = "#0077d7") 
 
p_main <-  p_main + scale_y_discrete(position = "right") +
    scale_x_continuous(position = "top") +
    theme(
        panel.grid = element_blank(),  # 去除网格线
        panel.border = element_blank(),
        text = element_text(size = 18), # 设置文本大小
        axis.line.x = element_line(color = "black", size = 0.5, linetype = "solid") ,
        axis.line.y = element_blank(), # 设置顶部 X 轴线条
        axis.text.x= element_blank() ,
    ) +  
    guides(
        color = guide_legend("pvalue"), 
        shape = guide_legend("pvalue")
    )
 
 
 
p %>% insert_bottom(p_main,height = 5)
p/p_main