conda与软件安装

1. qttabar按照1.5.5.3 注意需要安装NETWORK3.5的框架 否则不起作用
2. which pip知道安装到哪

conda激活

/home/ug2065/software/mini3/bin
 source ./activate conda

1.加载环境变量 在该目录下查找命令
export PATH=/Work/pipeline/software/Base/parallel-fastq-dump/v0.6.7/bin/parallel-fastq-dump:/Work/pipeline/software/Base/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/:PATH

1. 查看eg parallel-fastq-dump的默认解释器，如果conda 默认安装，执行器的开头以· \#opt开头;如果你用python执行，执行到该脚本自然调用解释器报错
2. 环境+自身脚本的执行路径

pip安装包到指定路径
pip3 install msvcrt --target=/Work/user/lvzhaopeng/software/pip_package

pip 之后如果临时调用：加载环境变量，注意它他不会递归寻找
export PYTHONPATH=/Work/user/lvzhaopeng/software/pip_package:$PYTHONPATH

张兴国 软件安装

链接
../统计/编程算法_递归

软件安装方法1：conda create --prefix=/Work/pipeline/software/meta/platon/v1.6 -c conda-forge -c bioconda -c defaults platon=1.6 #使用conda安装，prefix指定安装路径，这样可以构建独立的环境。
 
软件安装方法1：conda env create --prefix=/Work/pipeline/software/meta/MitoFlex/v0.2.9 --file environment.yml
 
 
mamba install -c conda-forge rdkit  --prefix=/Work/user/lvzhaopeng/software/data
 
conda create  --prefix=//Work/user/lvzhaopeng/pipeline/software/Base/parallel-fastq-dump/
-c conda-forge -c bioconda -c defaults
parallel-fastq-dump=0.6.7 软件的版本号

简单用法

 创建conda虚拟环境：conda create -n <env name> python=<python version> <pkg1 pkg2>
 conda install -n base -c default 
 
1.  删除环境：conda remove -n <env name> --all
cond list env
1.  查看已经安装的包：conda list【trimmomatic 查看已经安装的版本】
2. 复制虚拟环境：conda create -n <new env> --clone <old env>
更新指定包：conda upgrade fastqc=
conda remove -nb rnaseq fastqc
-   conda info -e
-   conda env list
通过conda clean -p删除的是全局的包

源

1. 查看当前使用源：conda config —show-sources
2. 删除指定源：conda config —remove channels
3. 添加指定源：conda config —add channels
4. conda config —set offline false 在线； conda config —set offline true 离线

pip install —upgrade tensorflow -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
python -c “import tensorflow as tf;print(tf.reduce_sum(tf.random.normal([1000, 1000])))“

mamba 安装

conda update -n base conda
conda install -n base conda-libmamba-solver
conda config --set solver libmamba
conda install mamba -n base -c conda-forge -y

/home/ug2065/software/mini3/bin/mamba shell init --shell bash --root-prefix=/home/ug2065/software/mini3
source ~/.bashrc
mamba activate mvp